Администрацията на басейновите дирекции е обща и специализирана.

Общата администрация осигурява технически дейността на директора и на специализираната администрация, както и дейностите по административното обслужване на гражданите и юридическите лица.

Общата администрация е организирана в Дирекция "Административни, финансови и правни дейности" /АФПД/. 

Специализираната администрация е организирана в следните дирекции:
"Планове и разрешителни" и "Контрол". Дирекция "Планове и разрешителни" се състои от три отдела: "Специализирани карти и зони за защита", "Разрешителни" и "Планове за управление".

 

Структура

Дирекция "Административни, финансови и правни дейности" /АФПД/

Дирекция "Планове и разрешителни"

Дирекция "Контрол"