Според Правилника за дейността, организацията на работа и състав на басейновите дирекции:

Чл. 11. Специализираната администрация осъществява дейности по:

6. контрол:

6.1. контрол на състоянието и проводимостта на речните легла и на заустващите съоръжения;

6.2. контрол на извършваните дейности в речните легла;

6.3. контрол на състоянието и правилната експлоатация на водовземните съоръжения, съоръженията за използване на повърхностните и подземните води и съоръженията за измерване на водните количества;

6.4. контрол на изпълнението на условията на издадените разрешителни по Закона за водите с изключение на разрешителните за ползване на воден обект за заустване на отпадъчни води;

6.5. контрол на количеството и качеството на водите;

6.6. контрол на поддържането на минимално допустимия отток в реките;

6.7. контрол на собствения мониторинг на водите;

6.8. контрол на изпълнението на задълженията за заплащане на таксите по Закона за водите;

6.9. контрол на спазването на забраните и ограниченията в границите на санитарно-охранителните зони;

6.10. пломбиране водомерите за отчитане на използваните водни количества от подземни води, както и показанията на измервателните устройства за повърхностни води и за съоръженията за заустване на отпадъчни води;

6.11. създаване и поддържане на база данни за извършения от басейновата дирекция контрол;

6.12. контрол на сигнали и жалби относно нарушения на Закона за водите;

6.13. контрол на условия и изисквания в издадени от министъра разрешителни по Закона за водите, решения по оценка на въздействието върху околната среда (ОВОС) и разрешителни за предотвратяване, ограничаване и контрол на замърсяването, когато за контрол е оправомощен директорът;

6.14. подготовка за представяне на министъра на околната среда и водите ежемесечна и годишна информация за резултатите от извършената контролна дейност;

8. стопанисване на:

8.1. водите – изключителна държавна собственост, които не са предоставени на концесия и/или на общините по § 133 от преходните и заключителните разпоредби към Закона за изменение и допълнение на Закона за водите (ДВ, бр. 61 от 2010 г.);

8.2. съоръженията за минерални води – публична държавна собственост, които не са предоставени на концесия и/или на общините по § 133 от преходните и заключителните разпоредби към Закона за изменение и допълнение на Закона за водите (ДВ, бр. 61 от 2010 г.).