Дирекция "Контрол" осъществява дейности по:
1. контрол:
1.1. контрол на състоянието и проводимостта на речните легла и на заустващите съоръжения;
1.2. контрол на извършваните дейности в речните легла;
1.3. контрол на състоянието и правилната експлоатация на водовземните съоръжения, съоръженията за използване на повърхностните и подземните води и съоръженията за измерване на водните количества;
1.4. контрол на изпълнението на условията на издадените разрешителни по Закона за водите с изключение на разрешителните за ползване на воден обект за заустване на отпадъчни води;
1.5. контрол на количеството и качеството на водите;
1.6. контрол на поддържането на минимално допустимия отток в реките;
1.7. контрол на собствения мониторинг на водите;
1.8. контрол на изпълнението на задълженията за заплащане на таксите по Закона за водите;
1.9. контрол на спазването на забраните и ограниченията в границите на санитарно-охранителните зони;
1.10. пломбиране на водомерите за отчитане на използваните водни количества от подземни води, както и показанията на измервателните устройства за повърхностни води и за съоръженията за заустване на отпадъчни води;
1.11. създаване и поддържане на база данни за извършения от басейновата дирекция контрол;
1.12. контрол на сигнали и жалби относно нарушения на Закона за водите;
1.13. контрол на условия и изисквания в издадени от министъра разрешителни по Закона за водите, решения по оценка на въздействието върху околната среда (ОВОС) и разрешителни за предотвратяване, ограничаване и контрол на замърсяването, когато за контрол е оправомощен директорът на басейнова дирекция;
1.14. подготовка за представяне на министъра на околната среда и водите на ежемесечна и годишна информация за резултатите от извършената контролна дейност;
1.15. създаване и поддържане на база данни за извършения от басейновата дирекция контрол и контрола, извършен по Закона за водите от други лица, оправомощени от министъра на околната среда и водите;
2. стопанисване на:
2.1. водите - изключителна държавна собственост, които не са предоставени на концесия и/или на общините по § 133 от преходните и заключителните разпоредби към Закона за изменение и допълнение на Закона за водите (ДВ, бр. 61 от 2010 г.);
2.2. съоръженията за минерални води - публична държавна собственост, които не са предоставени на концесия и/или на общините по § 133 от преходните и заключителните разпоредби към Закона за изменение и допълнение на Закона за водите (ДВ, бр. 61 от 2010 г.);
3. изготвяне на предложения и становища по прекратяване, изменение, продължаване, отнемане или ограничаване на правата, произтичащи от издадените разрешителни в предвидените в Закона за водите случаи.